Im Boden des Pleißentals deuten heute noch trichter- bzw. kesselförmige Vertiefungen, die mit Kohleresten gefüllt sind, auf die Anwesenheit von Menschen schon während der Kupferzeit (ca. 3000 v. Chr.) hin.

Im Jahre 973 erfolgte die erste urkundliche Erwähnung der Region anlässlich der Forst-Schenkung durch Kaiser Otto II an den Bischof "Gisiler von Merseburg".

Neukirchen selbst gliedert sich in die Ortsteile Schiedel, Schweinsburg, Kleinhessen, Naundorf, Kleinreinsdorf, Culten sowie die Kniegasse auf, wobei heute keiner mehr genau weiß, wo diese Ortsteile gewesen sein sollen.

Die Gemeinde besteht aus den Orteilsteilen Neukirchen, Lauterbach und Dänkritz, wobei Lauterbach und Dänkritz am 1. Januar 1996 eingemeindet wurden.