Im Jahre 1232 überfielen Landgraf Konrad von Thüringen und sein Feldhauptmann Friedrich von Treffurt die mainzische Stadt Fritzlar. Sie erstürmten die Stadt, brannten sie nieder und plünderten die Stiftskirche St. Peter. Zur Buße bot Friedrichs Familie dem Fritzlarer Propst Gumbert ihre Stiftung um die Heide, also Haydau, an. Am 23. Januar 1235 bestätigte Propst Gumbert diese Übergabe an die Zisterzienserinnen.

In der Mitte des 14. Jahrhunderts hatte sich Kloster Haydau nicht nur zu einem geistig-kulturellen, sondern auch einem wirtschaftlichen Zentrum entwickelt, an das die Landgrafen von Hessen Städte und Dörfer verpfändet hatten.

1527, nach der Einführung der Reformation in der Landgrafschaft Hessen-Kassel, wurde das Kloster aufgehoben und danach als landgräfliches Jagdschloss genutzt. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts fanden unter Landgraf Moritz von Hessen-Kassel umfangreiche Baumaßnahmen statt. In Folge dieses Umbaus entstand der so genannte Engelsaal über dem ehemaligen Refektorium im Südflügel. Der Engelsaal beeindruckt mit seinem prachtvollen Kamin und seiner mit Engeln, Wolken und Blumengebunden bemalten Decke. 1685 wurden unter Landgraf Karl von Hessen erneut Umgestaltungen vorgenommen und die Orangerie, die man dem Architekten Paul du Ry zuschreibt, erbaut.

Das Kloster Haydau wurde 1830 landwirtschaftliche Domäne; diese Nutzung blieb bis 1940.

Ab 1982 wurde das Herrenhaus saniert und anschließend als Rathaus der Gemeinde Morschen genutzt. Von 1985 bis 2001 wurde auch das ehemalige Kloster in einem Modellprojekt der hessischen Landesdenkmalpflege gesichert und saniert.