Der Architekt Carl Frühling aus Wernigerode entwarf das Geschwister-Scholl-Gymnasium im Jahr 1876 und ließ es unter der Leitung der Bauherren Unbehaun und Köst.
Am 17. Oktober 1881 wurde das Gebäude endgültig fertiggestellt und an die Schulen übergeben, nachdem viel Arbeit und 360.000 Goldmark investiert worden waren.

Dem Namen „Geschwister Scholl“ trägt das Gebäude jedoch erst seit 1949, als Anerkennung und Hinweis der humanistischen Ideale und Zivilcourage der durch das NS-Regime zum Tode verurteilten Geschwister Hans und Sophie Scholl.

Der Stil des Gebäudes ist der Historismus, das heißt die Fassade ist neogotisch, die Aula neoromantisch gestaltet. Die Aula des Gebäudes ähnelt dem Sängersaal der Wartburg in Eisenach erstaunlich, was sich mit der Beeinflussung des Architekten durch die Restaurierung der Wartburg zur Entstehungszeit der Schule erklären lässt.