Das Kloster Reinhardsbrunn wurde während des Bauernkrieges von aufständischen Bauern und Tagelöhnern aus den umliegenden Orten gestürmt und ausgeplündert, deshalb ergriffen die Mönche die Flucht. Das Kloster ging in den Besitz der Landesherrschaft über. Im Amt Reinhardsbrunn wurden die ehemaligen Klosterorte zusammengefasst. Das Marktrecht erhielt Friedrichroda im Jahre 1595 und 1597 das Stadtrecht. Ein städtischer Rat ist seit 1605 nachweisbar. Im Jahre 1634, während des Dreißigjährigen Krieges, wurde der Ort schwer heimgesucht und ausgeplündert.

Neben Waldnutzung, Weberei, Zwirnhandel, Färberei und Bleicherei wurde in der Bergstadt Eisenbergbau betrieben. Eine erste Blütezeit erlebte der Kupferbergbau bereits im 15. Jahrhundert, etwa 100 Bergleute fanden ein Einkommen. Die Marienglashöhle wurde 1784 bei der Suche nach anderen Erzen und Gesteinen entdeckt. Um 1840 wurde der gewerbliche Bergbau wurde eingestellt. Ein Schaubergwerk wurde 1967/68 gegründet.

Das Kloster Reinhardsbrunn wurde 1827 von den Gothaer Herzögen als Landschloss mit Park in englischem Stil umgestaltet und ist heute als Schloss Reinhardsbrunn bekannt.