SWR3 richtet sich vornehmlich an eine 19- bis 39-jährige Zielgruppe und bietet dazu ein 24-Stunden-Live-Programm. Bei SWR3 orientiert sich die Musik an einem Hot-AC-Format. Aktuelle Informationen werden neben den stündlichen SWR3-Nachrichten auch in Beiträgen im laufenden Programm wie zum Beispiel während der Sendung SWR3 Am Mittag (bis zum 3. Januar 2011 SWR3 Nun) von 12 bis 14 Uhr und dem SWR3-Topthema (17:40 Uhr), einem Mini-Feature, gesendet. Jeweils sonntagabends von 19 bis 20 Uhr werden die SWR3-Charts präsentiert, die während der Woche über das Internet mitbestimmt werden können.

Die Nachtsendungen „Luna“ und „Up“ waren bis zum 6. Januar 2008 von Montag bis Donnerstag auch über Bayern 3 zu hören. In den Nächten auf Samstag, Sonntag, Dienstag und jede zweite Woche Donnerstag war SWR3 bis 2. Januar 2011 von 0 bis 5 Uhr (am Wochenende bis 6 Uhr) auch deutschlandweit in der ARD-Popnacht über sieben andere ARD-Hörfunkwellen zu empfangen. Seitdem gestaltet SWR3 jede Nacht die ARD-Popnacht, die allerdings nur noch von fünf Sendern übernommen wird.

In den Jahren 2006 und 2007 fanden einige Veränderungen im Programm statt. Kurze Zeit hieß die Sendung „Club Dancenight“ stattdessen „Clubparty“. „Hiline“ wurde in „Nachmittagsshow“ umbenannt. „HitHop“ wurde an Samstagen und Sonntagen durch die „Kai-Karsten-Show“ ersetzt. Kurze Zeit später wurde „HitHop“ auch unter der Woche durch die „Kai-Karsten-Show“ ersetzt. Am Wochenende wird jetzt die „Wochenendshow“ gesendet. Im Januar 2010 wurde die wochentags zwischen 22 und 24 Uhr ausgestrahlte Sendung »SWR3 Intensiv« ohne nähere Begründung in »SWR3 Popshop« umbenannt, behält aber laut Eigenwerbung des Senders (»SWR3-Popshop: Die SWR3-Musiksendung, spezieller als das Tagesprogramm, mit neuen CDs, Infos zur Musikgeschichte und Live-Mitschnitten.«) ihren bisherigen Schwerpunkt