1214 wurde Schlenzer im Niederen Fläming erstmals urkundlich als „villam Schlentziger“ erwähnt und war damals noch im Besitz von Erzbischof Wichmann von Magdeburg.
Im Jahre 1642 ist das Dorf vollständig abgebrannt.
Anfang des 19. Jahrhunderts existierte in Schlenzer eine Schmiede, ein Krug und ein Nebenzollamt von Luckenwalde.
1891 wurde Schlenzer als Pfarrdorf mit Ziegelei erwähnt.
Bis 1965 existierte noch eine Windmühle. Unterhalb des Mühlenbergs gibt es noch eine Quelle, an der sich die Bauern damals mit Wasser versorgten.
Das Angerdorf Schlenzer ist im nördlichen Fläming-Waldhügelland von der Lage her auf einer Kuppe, weshalb Waldflächen direkt an das Dorf angrenzen.