Die evangelische Margarethenkirche am Neumarkt in Gotha ist eine Hallenkirche im spätgotischen Stil. Sie zählt zu den ältesten Gebäuden der Stadt.
Erstmals erwähnt wurde sie 1064 in einer Erbzinsverkaufsurkunde. Auf den Fundamenten einer romaischen Basilika wurde ab 1494 die heutige Kirche errichtet.

Bereits 1522 verkündet der Pfarrer von St. Margarethen, Johann Langenhan, das Evangelium. Die Reformation begann. Langenhan machte die Margarethenkirche und ihre Gemeinde zur ersten Evangelisch-Lutherische Kirche in Gotha. Infolgedessen ließen die Geldgeber für den Turmbau ihre Quellen versiegen. Die Wirren der Reformation, insbesondere der Gothaer Pfaffensturm, veranlassten Martin Luther, seinen Freund Friedrich Myconius nach Gotha zu schicken. Myconius wurde 1524 der erste Evangelische Superintendent und ordnete die Reformation in Gotha. Seinem Einsatz ist es auch zu verdanken, dass der Turmbau 1531 weitergeführt und 1542 vollendet wurde.


Der Gothaer Herzog Ernst der Fromme wurde 1675 als erstes Mitglied des Hauses Sachsen-Gotha-Altenburg im Gewölbe unter dem Altarraum beigesetzt. Bis zur Fertigstellung der neuen Fürstengruft auf Schloss Friedenstein im Jahre 1680 wurden die Mitglieder des Herzogshauses in Sankt Margarethen zur letzten Ruhe gebettet, darunter Ernsts Gemahlin, Herzogin Elisabeth Sophie, sowie einige früh verstorbene Kinder des Paares. Neben dem ersten Herzogspaar des Hauses Sachsen-Gotha-Altenburg ruhen in St. Margarethen auch der 1772 verstorbene Herzog Friedrich III. (Urenkel Ernsts des Frommen) und dessen Gemahlin Herzogin Louise Dorothea von Sachsen-Gotha-Altenburg. Die Gruft ist nicht öffentlich zugänglich.